科學研究
1985年，經國家科委批准建立上海市中醫藥研究院，與上海中醫學院實行一套管理班子的領導體制，並在原有上海市針灸經絡研究所、上海市氣功研究所、中醫文獻研究所的基礎上，又相繼建立臨床研究一所、臨床研究二所、推拿研究所、老年醫學研究所、骨傷科研究所、中醫基礎理論研究所、中藥研究所，還建有肝病研究中心、分析測試中心、實驗動物中心等。主要研究方向和任務是以中醫理論體系為指導，運用傳統的方法和現代科學的方法，結合臨床，對中醫藥進行系統研究，並對老中醫經驗和民間單方、驗方進行發掘、整理和研究。

上海中醫藥大學、上海市中醫藥研究院現擁有一支總人數為749人的科研隊伍，其中專職科研人員435人。1984年經上海市高教局批准，中醫針灸、中醫外科為國家教委和上海市重點學科。1990年又批准中醫基礎理論、中醫內科(含老年病、肝病)為第二批上海市重點學科。自1987年國家實行科研專案招標以來，至1994年，中標專案達400餘項，其中國家級占30％，部、市級占70％。全校歷年來共承擔局級以上(含國家八五攻關)的重點課題達300餘項，另外還有一批校級自選課題和與其他單位協作的橫向課題。