創辦於1958年的附屬東直門醫院是學校臨床教學及醫療、科研基地。經過半個世紀的艱苦創業，已經發展成為一所醫教研力量雄厚、科室齊全、設備完善、綜合服務能力強並具有中醫專科專病特色的綜合性三級甲等醫院。1999年開業的附屬東方醫院已建設成環境優美、佈局合理、設備先進、人才優化、管理科學、醫療水準一流、中醫特色突出、具有綜合服務功能的三級甲等醫院。2006年，北京冶金醫院正式劃轉北京中醫藥大學，成為學校第三附屬醫院。
建校50多年來，北京中醫藥大學以繼承和弘揚祖國醫學為己任，已為國家培養了30000餘名進階中醫藥專業人才，為世界87個國家和地區培養了13000餘名中醫藥專門人才。近年來，先後與22個國家和地區的58所知名大學和研究機構建立了良好的合作關係。並且與解放軍總醫院、解放軍302醫院建立了合作關係，開闢了軍地合作的新領域，構建了軍地合作的新模式。
學校主辦有國家一級學術期刊《北京中醫藥大學學報》、《北京中醫藥大學學報（中醫臨床版）》和《中醫教育》雜誌，是中醫藥學術交流的重要園地。
