我校創立於1956年，是新中國誕生後國家首批建立的四所中醫高等院校之一。1993年更名為上海中醫藥大學。著名醫學家、全國人大常委會副委員長吳階平教授任名譽校長。
　　　
通過46年的建設，學校事業有了很大的發展。現在我校已形成了研究生教育、本科教育、高職（專科）教育及外國留學生教育、港澳臺生教育、成人繼續教育等學制齊全的多層次、多規格、多渠道、多模式的培養高級中醫藥人才的教育體系。目前全校系統有近八千多名師生員工，其中有600名高級專業技術人員，一名中國工程院院士。擁有藏書50萬冊的圖書館和我國創建最早的醫史博物館。

學校下設11個二級學院、4個部、3所附屬醫院、12個研究所。中醫外科學、中醫基礎理論、中藥生物工程研究室、中醫肝病研究室分別是教育部、國家中醫藥管理局重點學科和領先專業重點學科。我校又是國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地、國家大學生文化素質教育基地和中國大學生武術訓練基地。

教育情況
1、建校45年來，共為國家培養和輸送各級各類中醫藥專門人才萬餘人，校友遍佈60多個國家和地區。學校擁有600多名專家和教授。有院士、全國名中醫、國家級重點學科帶頭人等。
2、1999年4月，我校首批通過了教育部“本科教學工作優秀學校”的評估，在全國高等中醫院校中獨此一家。
3、我校還是教育部三大基地：中國大學生武術訓練基地、國家大學生文化素質教育基地、國家理科基礎研究和教學人才培養基地。
4、我校實行完全學分制已有七年，為全國高等中醫院校首創。
5、臺灣地區學生來我校就讀情況：
我校從1988年開始招收本科生和自學考試生，1990年開始招收碩士生，1995年開始招收博士生。
目前在本校就讀的有107人，已畢業的有39人。臺灣學生通過全國聯考進入我校各專業學習，在學習上與大陸學生一樣，實行完全學分制，對學習優秀者給予一定的獎勵。